To IBE συνεργάζεται με το Πανεπιστήμιο Ιωαννίνων σε Προπτυχιακές και Μεταπτυχιακές Σπουδές παρέχοντας επιστημονική καθοδήγηση σε υποτροφίες, υποδομές και εργαστηριακό χώρο σε προπτυχιακούς φοιτητές, με σκοπό την εκπόνηση διπλωματικής ερευνητικής εργασίας, καθώς και σε υποψήφιους για Μεταπτυχιακό Δίπλωμα Ειδίκευσης και για Διδακτορικό οι οποίοι εκπονούν την διατριβή τους στις ερευνητικές ομάδες του ΙΒΕ. Αυτή η συνεργασία είναι ενεργή από το 1998, και προσφέρει μια πολύ ελκυστική ευκαιρία υψηλού επιπέδου προπτυχιακής και μεταπτυχιακής έρευνας και εκπαίδευσης σε φοιτητές από την Ελλάδα.
Το ΙΒΕ συμμετέχει ως ιδρυτικό μέλος στο διιδρυματικό, διατμηματικό Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών στη «Μοριακή Κυτταρική Βιολογία και Βιοτεχνολογία» που συνδιοργανώνεται από το Πανεπιστήμιο Ιωαννίνων (Τμήματα Ιατρικής, Χημείας και Βιολογικών Εφαρμογών και Τεχνολογιών) και το ΙΒΕ-ΙΤΕ. Επιπλέον, ορισμένα μέλη του συμμετέχουν στα Μεταπτυχιακά Προγράμματα: «Βασικών Βιοϊατρικών Επιστημών» και «Ιατρικής Χημείας» που διοργανώνονται από τα Τμήματα Ιατρικής, Βιολογικών Εφαρμογών και Τεχνολογιών και Χημείας, του Πανεπιστημίου Ιωαννίνων.
Τα προγράμματα κατάρτισης στο ΙΒΕ έχουν προσελκύσει αρκετούς ξένους φοιτητές και μεταδιδακτορικούς συνεργάτες. Ανταγωνιστικά κονδύλια από την ΕΕ (TMR, Marie-Curie, ITN), διεθνή (EMBO και FEBS) και εθνικά προγράμματα (ΕΛΙΔΕΚ, Ελληνικό Ίδρυμα Κρατικών Υποτροφιών, Γενική Γραμματεία Έρευνας και Τεχνολογίας) έχουν στηρίξει περισσότερους από 50 διδακτορικούς ή μεταδιδακτορικούς υποτρόφους και επισκέπτες φοιτητές.
